La Cappella di San Giovanni Battista fu costruita dall’architetto lombardo Gasperino di Antonio, fra 1506 e 1509, sul luogo dell’antica chiesa di San Giovanni del Mercato (interessanti tracce del preesistente edificio sono visibili al di sotto del pavimento).
La decorazione interna prese avvio con i seggi lignei, realizzati nel 1508-1509 dal marchigiano Antonio da Mercatello cui si devono anche le imposte lignee dei portali del Collegio del Cambio.
Pochi anni dopo (1512) Mariano di Ser Austerio eseguì il paliotto d’altare. Per ultima cosa si pensò alla decorazione delle pareti (1513). L’incarico fu affidato a Giannicola di Paolo che portò avanti il lavoro con grande lentezza.
A partire da G. B. Cavalcaselle (1866), tutta la critica ha sottolineato il forte carattere peruginesco della decorazione della volta: l’Eterno benedicente è chiaramente ispirato a quello del Perugino nella sala dell’Udienza.
Lo stacco di stile tra la volta e le pareti si spiega probabilmente con l’evoluzione del linguaggio pittorico dell’artista il quale, partendo da una rigida osservanza dei canoni perugineschi, se ne distacca poi progressivamente confrontandosi con la pittura raffaellesca e con quella senese del Pacchia e del Sodoma e quella Toscana di Andrea del Sarto.
La pala d’altare, di notevole livello, denuncia infine un’attenzione per l’arte di Luca Signorelli. La vivace colorazione delle pareti, accentuata dalla grande profusione di ori sull’altare e sulla volta, appare pensata per contrastare la penombra in cui versa l’ambiente, che prende luce dal solo portale di ingresso.